Biblioteka Medyczna UJ CM w 2008 roku uruchomiła pierwszą pełnotekstową bazę prac doktorskich rejestrującą rozprawy obronione na Wydziale Lekarskim, Wydziale Farmaceutycznym, Wydziale Nauk o Zdrowiu (dawny Wydział Ochrony Zdrowia) Collegium Medicum UJ. Baza działała w oparciu o system Alfresco, obejmowała prace doktorskie z lat 2004-2011. W 2012 roku przeprowadzono migrację zbiorów do systemu dLibra, tworząc Cyfrową Bibliotekę Medyczną.

Obecnie kolekcja Baza prac doktorskich obejmuje rozprawy doktorskie od 2004 roku oraz wybrane z lat wcześniejszych, zdigitalizowane i wprowadzone w ramach retrokonwersji.

Zasób Cyfrowej Biblioteki Medycznej stanowią trzy kolekcje: Baza prac doktorskich, Medyczne zasoby internetowe oraz Wystawy.

Kolekcja Medyczne zasoby internetowe powstała w latach 2012-2013 w ramach realizacji Zadania Badawczego SYNAT pt: "Utworzenie uniwersalnej, otwartej, repozytoryjnej platformy hostingowej i komunikacyjnej dla sieciowych zasobów wiedzy dla nauki, edukacji i otwartego społeczeństwa wiedzy". Stworzona została w oparciu o wybór polskich i zagranicznych portali, serwisów, dokumentów elektronicznych i systemów informacyjnych z obszaru medycyny, farmacji i nauk o zdrowiu. Prezentowana jest w postaci standardowych opisów wraz z linkami do zasobów.

Kolekcja Wystawy zawiera materiały związane z jubileuszową wystawą Spojrzenie w Przeszłość - Zbiory, Ludzie, Wydarzenia, zorganizowaną w 2010 roku, w celu upamiętnienia dwusetnej rocznicy powołania Biblioteki Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.