Search for: [Abstract = "użyciu metod modelowania molekularnego. W toku badań stworzono zróżnicowaną pulę modeli homologicznych każdego z transporterów. Spośród nich wybrano finalnie modele, które według oceny zastosowanych narzędzi bioinformatycznych najlepiej odzwierciedlały rzeczywistą strukturę białek oraz tłumaczyły zależność struktura – aktywność dla puli związków zadokowanych do ich miejsc wiążących. Zbudowane modele umożliwiły porównanie struktury przestrzennej wszystkich typów transporterów GABA i glicyny, odnosząc ją również do innych spokrewnionych białek o znanej strukturze. W analizie skupiono się na budowie miejsc wiążących, wskazując aminokwasy, które w największym stopniu wpływają na zróżnicowane właściwości transporterów. Wykazane różnice znalazły odzwierciedlenie w wynikach dokowania molekularnego ligandów referencyjnych każdego z badanych transporterów. Stabilność uzyskanych w dokowaniu trybów wiązania została sprawdzona w symulacjach dynamiki molekularnej. W niektórych analizach, do wskazania korzystniejszego sposobu wiązania wykorzystano dodatkowo obliczenia wolnej energii wiązania ligandów. Wykonane badania in silico wskazują, że w przypadku inhibitorów transporterów GABA o budowie aminokwasowej, fragment zawierający grupę karboksylową ulokowany jest w głównym miejscu wiążącym \(S1\), podczas gdy pierścienie aromatyczne związków sięgają do miejsca S2 w obrębie prz"]

Number of results: 1